ブラジルWカップ終了後の14年8月、メキシコ人監督ハビエル・アギーレの日本代表監督就任が発表される。これは前監督のザッケローニがWカップという国際舞台で経験不足を露呈し、日本が惨敗を喫した反省を踏まえての人選だった。
また体格的にもメキシコのパスサッカーは、日本が手本にすべきスタイルだという見方もあり、その点でも相応しい監督だと思われたのである。
9月には最初の親善試合が行なわれたが、そこで日本が繰り広げたのは、ロングボールを主体とした放り込みのサッカーだった。実はそれがアギーレの基本戦術だったのだが、苦戦が続いたことで監督は戦術を日本従来のポゼッションサッカーに切り替えた。
そこで武藤嘉紀や柴崎岳・乾貴士といった新しい選手も試すが、結果が伴わずザック時代の主力に頼らざるを得なくなる。
アギーレには監督就任当初から芳しくない噂があったが、12月にはスペイン・サラゴサ監督時代の八百長疑惑が報道される。そんな逆風の中、アギーレは日本代表を率い15年1月に開催されたアジアカップ・オーストラリア大会に臨んだ。
初戦はパレスチナに対し4-0と快勝、2戦目はイラクを1-0で撃破した。この試合で決勝点となるPKを決めた本田圭佑は、岡崎慎司と敬礼パフォーマンスを披露している。そして3試合目のヨルダン戦も2-0と危なげなく勝利、首位で予選リーグを突破し準々決勝のUAE戦を迎える。
アギーレはここまでほとんど同じメンバーを起用しており、中2日で戦う選手たちの疲労は溜まっていた。開始直後からピンチが続き、7分には早くも先制点を許してしまう。反撃を試みる日本だが全体的に動きは鈍く、決定機は生まれなかった。
後半に入り日本は武藤・柴崎・豊田陽平の3人を次々と投入する。日本は交替選手たちの奮闘でペースを掴み、39分柴崎のダイレクトシュートでようやく1-1と追いついた。
試合が延長に入ると長友佑都が腿裏を痛め動けなくなり、交代枠を使い切っていた日本は苦しい戦いを強いられる。それでもどうにか守り切り延長も終了、勝負はPK戦にもつれ込んだ。だが日本は本田と香川真司がシュートを外し、UAEに4-5で敗れ準々決勝で大会から姿を消してしまう。
翌2月、スペイン検察によるアギーレ八百長疑惑の告発が裁判所に受理される。その事実を受け、日本サッカー協会はアギーレの代表監督解任を決定した。ファルカンの8ヶ月よりさらに短い、僅か半年間の就任期間となった。
リオ・デ・ジャネイロ五輪出場を目指すU-21のチームは、ザッケローニ時代の13年末に結成された。ベガルタ仙台を率いていた手倉森誠が監督に就任、チームの主軸として植田直通・遠藤航・大島僚太・中島翔哉・浅野拓磨らが招集される。
チームは翌14年1月に開催されたU-22アジア選手権では準々決勝でイラクに敗れ、9月の仁川アジア競技大会でも準々決勝で開催国韓国の前に敗退を喫した。
おとなしい選手の揃ったこのチームは五輪予選を前に不安視されたが、それでも1次予選を3戦全勝で勝ち抜き最終予選に進んだ。リオへの最終予選を兼ねたアジアU-23選手権は、16年1月にカタールで行なわれることになった。この時点でチームには井手口陽介や南野拓実・久保裕也なども加わり、戦力は厚みを増していた。
グループリーグの第1戦、北朝鮮戦では開始5分で植田が先制点を決め、そのまま1-0で勝利を掴む。続くタイ戦では先発6人を入れ替えるも、4-0という結果で連勝した。そして第3戦では、前の試合からさらに10人を入れ替えサウジアラビア戦に臨んだ。
5人が初先発というフレッシュな日本チームは伸び伸びとプレー、大島の豪快なミドルシュートなどで2-1と勝利しベスト8進出を決める。準々決勝のイラン戦では相手のパワフルな攻撃に押されるが、日本も好守で跳ね返し0-0のまま90分を終えた。
延長に入るとイラン選手の足が止まったが、毎試合メンバーを入れ替えた日本には余裕があった。延長前半、豊川雄太のヘディングが決まると、後半にも中島が立て続けに2得点を挙げ3-0と勝利を収めた。
そして準決勝イラク戦では久保が先制ゴールを決めるも、前半のうちに同点弾を決められ追いつかれてしまう。だが延長もちらついた後半アディショナルタイム、原川力の勝ち越し弾が生まれ2-1と勝利、リオ五輪出場を確定させた。
決勝の相手は韓国。日本はこの難敵に2点をリードされ苦戦するが、後半の22分と23分立て続けにゴールが生まれ追いついた。そして動揺した韓国を押し込み、81分に浅野が逆転ゴールを決める。
こうして驚異的な粘りで韓国を逆転した日本は3-2と勝利、リオ五輪出場と共にアジアU-23の大会チャンピオンにも輝いた。
8月4日、リオ五輪のサッカー競技が始まり、日本はグループリーグでナイジェリア・コロンビア・スウェーデンと対戦することになる。日本の五輪代表には、O/A枠として塩谷司や興梠慎三などが加わっていた。
初戦のナイジェリア戦では開始から激しい打ち合いになり、前半を2-3とリードされ折り返す。後半もさらに2点を決められ日本はさらに苦しい状況に追い込まれるが、終盤に入り怒濤の攻撃で2点を返した。
しかしナイジェリアに追いつくことは出来ず、4-5で敗れ日本は初戦を落としてしまった。次に負ければ予選敗退が決まる日本は、システムを変更しコロンビア戦に臨んだが、2点をリードされまたもや苦戦を強いられる。しかしそこから粘りを見せた日本に浅野と中島のゴールが生まれ、どうにか2-2と引き分けることが出来た。
予選突破をかけた最終戦、日本は攻めに出るが屈強なスウェーデンDFに跳ね返され、なかなかシュートまで持ち込めない。それでも64分、矢島慎也が大島からのクロスを押し込み日本の先制点が生まれた。その後も優勢に試合を進めるが追加点は生まれず1-0で試合は終了、日本は大会初勝利をあげたものの、勝ち点で及ばずグループリーグで敗退となってしまった。
15年3月、解任されたアギーレの後任として、ヴァヒド・ハリルホジッチの監督就任が発表された。ボスニア・ヘルツェゴビナ出身のハリルは旧ユーゴスラビア代表選手として活躍、ヨーロッパやアフリカでの監督経験も豊富だった。
アルジェリア代表監督時代には当時無名のマフレズを抜擢、ブラジルWカップでチームを初の決勝トーナメント進出へ導く。決勝Tでは大会優勝を果たすドイツと熱戦を展開、1-2で敗れるがその手腕は高い評価を受けている。一方、規律に厳しく妥協を許さない性格で選手や組織幹部との衝突も多く、途中解任の憂き目に遭うことも少なくなかった。
語りが止まらない新監督の就任記者会見は長時間に及んだ。その時ハリルが掲げたフレーズが「縦に速いサッカー」と「デュエル」だった。ハリルはJFA内に監督室を設けて貰い、代表活動がない時もそこで分析や戦術に時間を割くなど仕事熱心だった。選手に対する要求も厳しく、体脂肪率12%以下を求めるなどの拘りを見せる。
6月には、ロシアWカップのアジア第2次予選が行なわれた。初戦のホーム・シンガポール戦では、相手GKのイズワン・マフブドがスーパーセーブを連発、日本は格下相手に0-0と引き分け不安を感じさせるスタートとなった。それでも残りの試合は取りこぼすことなく全勝、無事に最終予選進出を決める。
リオ五輪終了後の16年9月、Wカップアジア最終予選が始まった。日本はサウジアラビア・オーストラリア・UAE・イラク・タイの5チームとホーム&アウェーで総当たり戦を行ない、グループ2位までに与えられた出場権（3位はプレーオフ）を争うことになった。
初戦はホーム埼玉スタジアムでのUAE戦だった。日本は本田のヘディングで11分に先制するが、19分には微妙な判定からFKを与え、そこから同点とされてしまった。そして52分にも大島がペナルティーエリアで足を引っかけたと判断され、PKで逆転されてしまう。
日本は何度もチャンスを作り出し、68分には宇佐美貴史がペナルティーエリアで倒されるが、判定はノーファールだった。ハリルの激しい抗議も受け入れられず、カタール人主審の厳しいジャッジに泣かされた日本は1-2で敗れてしまった。
試合内容の悪さに、初戦を落としたチームの予選突破確率0%とネガティブな報道もなされる。だが気を引き締め直した日本は、強敵オーストラリアと敵地で引き分けるなど順調に勝ち点を重ねていった。ドイツで自信をつけた原口元気も活躍、4試合連続得点を記録し勝利に貢献する。そして11月に前半を終えた時点で、日本はサウジアラビアと並ぶ首位に立った。
翌17年3月に最終予選が再開、アウェーUAE戦ではリオ世代・久保の活躍で2-0と勝利し初戦のリベンジを果たす。そしてこのあとも首位をキープし続けた日本は、8月31日にオーストラリアをホームに迎え対戦を行なう。
埼玉スタジアムで行なわれたこの試合は、勝った方がW杯出場を決める大一番だった。ボランチに起用された井出口が良い動きでオーストラリアの攻撃を抑えるが、日本の攻めも単発で得点に繋がらなかった。相手のシュートがポストに当たりヒヤリとした直後の41分、長友がサイドからクロスを送ると、タイミング良く抜け出しフリーとなった浅野がゴールネットを揺らして先制する。
主導権を握った日本に対し反撃の糸口が掴めないオーストラリアは、70分に日本キラーのケーヒルを投入する。日本も75分に原口を入れ攻めを続けた82分、井手口が相手守備網をドリブルで切り裂いた。井手口はドリブルの体勢から右足を一閃、豪快なミドルシュートが決まり2-0と突き放す。このまま試合は終了、日本は若手の活躍で6大会連続のWカップ出場を決めた。
このあと日本代表はロシア大会本番に向け強化を図るが、チーム内の歪みは大きくなっていった。11月に行なったベルギー遠征でブラジル、ベルギーと対戦するも、強豪相手にハリルジャパンの戦術は通用せず完敗。12月に開催されたE-1選手権（旧、東アジア選手権）でも、日本を研究した韓国に1-4と惨敗を喫してしまうが、ハリルの口から出たのは開き直りの言葉だけだった。
低調な試合が続くもハリルから打開策が示されることはなく、監督の指示は「とにかく前へ速く」の一辺倒だった。選手から話し合いの要求が出されるがハリルはそれを拒否、監督の戦術に疑問を呈した本田、香川、岡崎、乾らが代表を外されていく。だが残った選手たちにも、ハリルの独裁的で押しつけの激しい指導と結果が伴わない采配に、不満や不信感が高まっていた。
18年3月、再びベルギー遠征が行なわれるが、マリに1-1、ウクライナに1-2と成果の窺えない内容だった。以前からハリル解任に傾いていた田嶋幸三サッカー協会会長は、この結果を受けてついに決断。4月にフランスを訪れる。
そしてハリルと面談した田島会長は、コミュニケーション不足と選手との信頼関係の薄れを理由に、代表監督契約の解除を申し渡した。ロシアWカップを直前に控えた解任劇は物議を醸すが、日本代表の指揮はチームを見てきた技術委員長・西野朗に託される。
